Ochrona przyrody w nadleśnictwie prowadzona jest na podstawie "Programu ochrony przyrody w nadleśnictwie".

Ważnym aspektem działalności nadleśnictwa jest ochrona pożytecznej fauny tj. ptaków, nietoperzy i mrowisk. Działalność ta polega na wywieszaniu i czyszczeniu budek lęgowych dla ptaków oraz schronów dla nietoperzy, dokarmianiu ptaków i zwierząt zimą, oraz grodzeniu mrowisk.

Poza tym Nadleśnictwo Kutno posiada ekologiczną kotłownię przystosowaną do opalania drewnem. Przy osiedlu nadleśnictwa funkcjonuje biologiczna oczyszczalnia ścieków.